返事が遅くなり申し訳ありません。
私もROM焼きしたのがずいぶん前なので，あまりはっきりしたことを覚えていないのですが、購入した9900のROMのバージョンの方が新しかった，ということなのかも知れません。
今ではもっと新しいROMが出ていると思うので、より新しいバージョンで焼き直しをしてみるといいのではないかと思います。

はじめまして。
まず確認なんですが、失礼ながら”exe”形式のファイルはWindowsの実行ファイルというのはご存じですよね。
ですのでMacでの作業は基本的にできません。
私はMacのParallelsを使って構築したWindows7上で作業を行いました。その結果が、上記ブログのとおりというわけです。
まずはWinows上で作業を進めてください。うまくいくはずです。

Desktop Softwareで、ファームウェアをアップデートしたりしていませんか？
9900自身のファームウェアより古いバージョンのROMだと「日本語入力」が選択できないようです。
その場合、どこかに「Version Down」とか「Downgrade]とか表示されていたような気がします。
私自身も初めてのROM焼きなので、はっきり言って初心者です。これ以上のことがお答えできなくて申し訳ないです。